Hoteloví hosté mají možnost ubytování ve stylových pokojích zařízených ve viktoriánském stylu, či ve vkusně vybavených bezbariérových pokojích určených zejména pro rodiny s dětmi. Všechny pokoje disponují vlastní koupelnou s vanou, WC a bidetem. Mezi základní vybavení patří také lednice a barevná televize.
Dvůr Pecínov nabízí ubytování v kategoriích:
Pokoje Standard – budova pokojů Standard se nachází nalevo od Restaurace Špejchar.
Pokoje Superior – budova pokojů Superior se nachází v klidné části zahrady, naproti restauraci Špejchar.
Každý z pokojů má vlastní vchod a malou terasu s výhledem na bazén.
Hotel Historical – budova hotelu je situována vedle restaurace Špejchar. Všechny pokoje mají výhled na nádvoří a bazén. Deset stylových pokojů nabízí patřičný komfort i pro nejnáročnější klienty. Pokoje jsou ve složení: 8 dvoulůžkových pokojů, 1 jednolůžkový pokoj a 1 prostorný apartmán s krbem a kuchyňským koutem.